白內障手術可能發生的併發症有許多種可能性，難以全部列舉。麻醉中可能發生眼球後出血、眼球內出血、眼球破裂等。手術中可能發生眼球內出血、晶核移位、晶體後囊破裂等。手術後可能發生眼球內微生物感染、角膜水腫、眼壓持續昇高、傷口裂開、人工水晶體移位、眼內殘留水晶體碎片、葡萄膜炎、視網膜水腫或視網膜剝離等，嚴重者甚至失明。白內障手術雖侷限於眼睛，對全身系統通常無顯著之影響。然而因老年性白內障患者多為年事較高者，故無法完全排除在手術前、手術中、或手術後身體會有突發狀況，如心肌梗塞、中風、胃出血、心律不整等，甚至死亡。若需要有全身麻醉者，可能有更高之風險。目前白內障手術多數保留原來之後囊，以便置入人工水晶體，此後囊幾個月或幾年後可能再度變厚而使視力模糊，叫做續發性白內障，在動物若不嚴重，不需進行治療。